由于工程量清單的項目特征描述不夠全面完整，選用的材料品牌規(guī)格不夠明確、結(jié)算時可能的單價調(diào)整方式約定不夠詳細。使投標企業(yè)對項目的判斷和綜合價格的組成在理解上有誤或差異。造成施工合同不能很好地滿足合同雙方的真實意思表現(xiàn)。

實行工程量清單招標以后，簽訂的合同為單價合同，不再把定額作為計價基礎(chǔ)，主要以中標的投標單價為依據(jù)。但工程實際往往與清單描述有差異，對報價表中沒有相應(yīng)價格或需調(diào)整的價格，及索賠的價格等如何確定，很多施工合同未能詳細約定，僅僅是模糊的幾點原則，因此成為合同簽訂的一個重要問題。

工程量的錯誤或變更還會引起施工索賠糾紛，由于工程量清單的計價方式是將各種利潤、管理費等計入綜合單價中，

如工程量大幅減少，施工方會提出利潤、管理費等不能同比例減少的要求。如“增加的工程量/因此而增加的施工工期”少于“合同工程量/合同工期”，則施工方又會提出增加現(xiàn)場管理費的請求。盡管施工合同一般約定工程量增加或減少超過15%時，綜合單價予以調(diào)整，但如何調(diào)整也是工程結(jié)算時發(fā)生糾紛的起因之一。

工程量錯誤的不平衡報價及調(diào)高先付款項目調(diào)低后付款項目的不平衡報價等使承包人獲取了超額利潤，但同時也造成了業(yè)主的損失，不能體現(xiàn)合同的公平與合理。